万田坑には6つの建築物が国の重要文化財に登録されています。国の重要文化財に指定されているのは、作業員の昇降のための施設であり万田坑のシンボルである第二竪坑櫓、昇降のためにワイヤーを巻上げるための第二竪坑巻揚機室、主に坑内の排水を行っていた倉庫及びポンプ室、坑内で使うキャップランプのバッテリーの充電室や浴室が残されている安全燈室及び浴室、監視室や更衣室がある事務所、安全祈願を行っていた山ノ神祭祀施設の6施設です。